JI sendiri menyadari bahwa jihad musholah (jihad bersenjata) untuk merebut kekuasaan di Indonesia adalah program jangka panjang. Hingga 1999 mereka masih merasa banyak persyaratan jihad yang belum terpenuhi. Misalnya kondisi umat Islam di Indonesia yang masih dianggap lemah agamanya, pemahaman agama yang rusak, terutama mayoritas umat Islam masih percaya bahwa dien (agama) dan daulah (negara) itu terpisah, kuatnya pengaruh thariqot di kalangan masyarakat bawah dan Iain-lain. Selain itu internal JI sendiri masih punya masalah. Jumlah anggota di wilayah garap utama atau Mantiqi II masih sedikit. “Kondisi intern kita dengan multazimin lebih dari 2.000 orang (jika ditambah binaan lebih dari 5.000 orang) belum cukup memikul beban riil gerakan.” Selain itu, ada beberapa persoalan lain misalnya soal kemampuan askary para anggota JI belum merata, secara kualitas dan kuantitas anggota JI masih jauh di bawah musuh, minimnya dana dan fasilitas senjata.

Meskipun begitu JI sendiri sudah punya strategi untuk merebut kekuasaan. Namun mereka tak pernah berpikir mengambilalih kekuasaan lewat jalan kudeta militer. Alasannya, “masyarakatnya belum siap, sehingga kalau pun bisa, maka jangan-jangan pembawa kebenaran dapat dimusuhi masyarakat, atau syari’at Islam dipandang sebagai beban. Belum lagi kemampuan kita dalam persoalan teknis pembinaan umat. Strategi yang dipakai oleh JI sebagai langkah awal untuk merebut kekuasaan adalah membentuk qoidah aminah (basis yang aman dari kekuatan musuh).

Strategi ini berkaitan dengan jenis jihad yang akan mereka lakukan di Indonesia yaitu, jihad abnaul haraqah bukan jihad bangsa. Maksudnya jihad yang dilakukan oleh sebagian kecil masyarakat yang telah sadar akan kewajiban menegakkan syari’at Islam. Sementara itu jihad bangsa, adalah jihad yang dilakukan sebuah bangsa di mana semua warga masyarakat terlibat dalam perang, seperti kasus Afghanistan, Chechnya dan Moro. Mereka belajar dari sejarah perjuangan Nabi, di mana jihad yang pertama kali dilakukan adalah jihad abnaul harahah yang dilancarkan dari qoidah aminah di Madinah. Seperti Perang Badar yang hanya diikuti oleh 300 orang saja. Sembari berjihad Nabi melakukan dakwah ke masyarakat Madinah, sehingga akhirnya jihad abnaul haraqah ini melibatkan seluruh masyarakat Madinah dan berubah menjadi jihad bangsa Madinah. Saat penaklukan kota Mekkah kekuatan pasukan sudah berlipat-lipat hingga sekitar 20 ribu orang.

JI sendiri sudah menetapkan kriteria sebuah wilayah layak dijadikan qoidah aminah atau tidak. Ada tiga kriteria. Pertama, geografi, letak wilayahnya sangat menguntungkan untuk pertahanan, tersedianya sumber logistik dan Iain-lain. Kedua, demografi, mayoritas penduduknya sudah menyambut seruan dakwah dan siap berkorban, pihak musuh tak mampu mengontrol masyarakat Islam secara penuh, sentral kepemimpinan ada di tangan abnaul haraqah (aktivis gerakan), para aktivis jihad sudah siap melakukan perlindungan. Terakhir, kepemimpinan masyarakat baik formal maupun informal sudah didominasi oleh abnaul haraqah, mampu menetralisir tekanan politik musuh dan Iain-lain.

Saat itu JI berpikir salahsatu wilayah yang cocok untuk dijadikan qoidah aminah adalah Jawa Barat, terutama dari Priangan Timur seperti Garut, Tasikmalaya, serta Ciamis yang memang sudah teruji pernah menjadi qoidah aminah bagi Darul Islam. Mereka mencoba melakukan tansikh baitul jama’ah (kerjasama dengan jama’ah lain) dengan Darul Islam yang punya basis yang kuat di Jawa Barat. Namun hal ini ditolak DI yang nampaknya masih punya dendam terhadap JI.Akhirnya JI memutuskan untuk membuat qoidah aminah melalui pengembangan sembilan wakalah yang dimiliki JI saat itu. Diharapkan antara tahun 2021 hingga 2025, JI sudah mempunyai daerah-daerah basis yang kuat di Indonesia. Saat itu “basis telah mantap untuk menjadi mahjar atau penyangga dakwah dan perjuangan.” Bila target itu bisa dipenuhi maka selepas 2025 JI sudah bisa melakukan jihad musholah di Indonesia.

Selain mempersiapkan qoidah aminah, JI juga mulai membentuk pasukan komando atau laskar khos (pasukan khusus), yang kelak akan ditugaskan untuk melindungi daerah basis yang aman. Selain itu kalau seandainya qoidah aminah sudah tegak, pasukan khos itu juga bertugas untuk untuk melakukan berbagai operasi militer di wilayah-wilayah musuh.

Laskar khos sendiri sudah dibentuk sejak awal 1998. Anggotanya direkrut dari para alumni Afghanistan yang dianggap punya kemampuan militer khusus, seperti ahli bom, ahli persenjataan, serta ahli perang gerilya dan Iain-lain.78 Belasan alumni Afghanistan bergabung dengan pasukan ini. Zuhroni diangkat sebagai penanggung jawab pasukan khusus dibantu oleh Asep Darwin sebagai kepala sekretariat. Mereka yang terpilih untuk bergabung dengan pasukan khusus ini antara lain Edi Setiono alias Usman, Farihin alias Ibnu, Suhail, Sarjiyo alias Sawad, Abdul Ghoni alias Umeir, Ali Imron dan Iqbal alias Muktib.

Beberapa aktivitas yang dilakukan oleh para anggota laskar khos ini antara lain mengikuti kursus-kursus singkat untuk mengingat kembali ilmu-ilmu yang pernah dipelajari di akademi militer Afghanistan. Selain itu ada juga latihan survei pusat-pusat bisnis di ibukota. Mereka sendiri tak tahu apa tujuannya, mereka hanya melaksanakan perintah yang diberikan oleh Zulkarnain. Cukup banyak tempat yang disurvei, gedung Ratu Plaza di daerah Sudirman, Plaza Indonesia di daerah Tamrin, Hotel Marriot di daerah Kuningan, gedung WTC (World Trade Center) di Sudirman. Ada tiga hal yang mereka amati. Pertama, bentuk dan posisi bangunan. Misalnya, lokasi bangunan menghadap ke mana, apakah langsung menghadap ke jalan raya, atau menjorok ke dalam. Kemudian Abdullah Sungkar sebelum masuk DI. Upaya menyusup ke KISDI kian mudah karena salahseorang anggota laskar khos, yaitu Usman alias Abas, merupakan supir pribadi Ahmad Sumargono. Melalui Abas inilah, uang dari para pendukung Habibie mengalir ke tangan orang-orang JI. Beberapa orang JI, termasuk Abas, diminta mengumpulkan massa pendukung Habibie, untuk melakukan aksi pengusiran terhadap para mahasiswa yang masih menduduki gedung DPR/MPR (Dewan Perwakilan Rakyat/Majelis Permusyawaratan Rakyat).

Lengsernya Soeharto yang diiringi terbukanya keran kebebasan membuat para petinggi JI gamang. Seperti yang terlihat dalam kasusnya dengan Partai Bulan Bintang (PBB). Partai yang didirikan oleh para aktivis DDII ini sempat menawarkan kepada Abdullah Sungkar untuk menempatkan para kadernya menjadi pengurus partai. Namun Sungkar menolak tawaran ini. Alasannya perjuangan melalui jalur parlementer dianggap melanggar salahsatu prinsip perjuangan JI, yaitu iman-hijrah dan jihad. Para petinggi JI menganggap kalau mereka menerima tawaran tersebut berarti mereka menerima demokrasi, yang justru oleh mereka dianggap sebuah kemusyrikan. Namun sikap JI sendiri tampak bingung, satu sisi ia menolak bergabung dengan PBB, namun di sisi lain ia membiarkan para kadernya yang punya keinginan untuk aktif di partai tersebut. Misalnya, Muhammad Zainuri, anggota JI wakalah Jawa Timur yang juga ayah kandung Faturrahman Al Ghozi diijinkan untuk duduk menjadi caleg PBB di kabupaten Madiun. Belakangan lelaki yang pernah dipenjara karena dituding terlibat Komando Jihad ini berhasil menjadi anggota DPRD (Dewan Perwakilan Rakyat Daerah) Tingkat II di Madiun.

Kebimbangan JI juga terlihat ketika muncul gagasan untuk menjadikan JI sebagai organisasi formal. JI sempat gamang memutuskan apakah menerima ide ini atau menolaknya. Di satu sisi mereka melihat bahwa ide ini melanggar salahsatu manhaj perjuangan JI, yaitu tanzim siri (organisasi rahasia). Namun di sisi lain, JI melihat bahwa dalam alam penuh kebebasan, dakwah mereka akan lebih efektif bila dilakukan secara terbuka. Di dalam JI sendiri gagasan ini memicu kontroversi. Sebagian petinggi JI menyetujui rencana ini. Mereka yang setuju sempat mendiskusikan rencana deklarasi ormas Jama’ah Islamiyah di Stadion Utama Senayan yang akan dihadiri para kader JI dan para ulama dari Jama’ah Islamiyah Mesir. Namun rencana ini akhirnya gagal setelah muncul keberatan dari sebagian petinggi JI lainnya yang melihat bahwa rencana ini bisa membahayakan organisasi, dan melanggar salahsatu manhaj perjuangan jama’ah yang disebut di atas, yaitu tanzim siri.

Di saat JI di Indonesia sedang beradaptasi dengan perubahan situasi politik, diam-diam di wilayah Mantiqi I, yaitu Malaysia dan Singapura sedang terjadi perubahan orientasi perjuangan di kalangan aktivis JI di sana. Perang melawan kafir harby, yaitu Amerika dan sekutunya menjadi wacana baru di kalangan mereka. Gara-garanya fatwa Usamah bin Laden dan kawan-kawan yang dikeluarkan pada 23 Februari 1998. “Membunuh orang-orang Amerika dan sekutu-sekutunya, baik sipil maupun militer, adalah kewajiban setiap muslim yang dapat dilakukan di negara mana pun bila memungkinkan. Fatwa ini dikeluarkan atas nama World dibawa oleh truk itu meledak di sana dan menewaskan lebih dari 200 orang dan ratusan lainnya terluka. Mayoritas yang terluka adalah warga sipil Kenya dan Tanzania. Amerika bertindak cepat, pada 17 Agustus 1998, mereka menyerang tempat-tempat yang diduga sebagai kamp-kamp militer Al Qaida yang berada di daerah Khowst, Afghanistan. Roket-roket Amerika menewaskan 34 orang pengikut Usamah. Namun serangan ini tak berhasil membunuh Bin Laden. Serangan balasan Amerika ini sangat mempengaruhi respon para tokoh DI terhadap ajakan Usamah. Serangan ini membikin keder para tokoh DI. Gaos Taufik sendiri berkomentar,

“Ayeuna mah ngan jelema gelo nu wani ngalawan Amerika. Ngalawan thogut di negeri sorangan wae can mampu, komo ngalawan Amerika. (Saat ini hanya orang gila yang mau melawan Amerika. Melawan thogut di negeri sendiri saja belum mampu, apalagi melawan Amerika) “89